Theo Tổng cục Hải quan, thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm nhất 6 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đối với hồ sơ thuận diện hoàn thuế trước.
Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh nêu, quá trình thực hiện Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 có hiệu lực từ ngày 1/7/2020, đơn vị đã phát sinh vướng mắc liên quan đến quy định tại Điều 73 về phân loại hồ sơ hoàn thuế, Điều 75 về thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế và quy định về cơ quan hoàn thuế nộp thừa.
Theo Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh, trong thực tế, DN có thể hoàn thuế tại chi cục hải quan không cùng một cục hải quan. Như vậy để xác định hồ sơ hoàn thuế có thuộc Điểm a, Khoản 1, Điều 73 hay không được thực hiện?
Trước những vấn đề Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh nêu, theo Tổng cục Hải quan, liên quan đến hồ sơ hoàn thuế, tại Điểm a, Khoản 1, Điều 73 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định thì hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn lần đầu của từng trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế là hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
Do đó, để có cơ sở thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu, cơ quan Hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế yêu cầu DN xuất trình chứng từ chứng minh đã được cơ quan Hải quan hoàn thuế trước đây (không bao gồm chứng từ chứng minh việc hoàn thuế của cơ quan Thuế). Trường hợp DN không có chứng từ đã được cơ quan Hải quan hoàn thuế lần trước thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế của cơ quan Hải quan đang tiếp nhận được xác định là hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu và thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
Theo quy định tại Khoản 3, Điều 72 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định về tiếp nhận và phản hồi thông tin hồ sơ hoàn thuế thì “Trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế thực hiện phân loại hồ sơ và thông báo cho người nộp thuế về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế hoặc thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế trong trường hợp hồ sơ không đầy đủ”.
Cũng theo quy định tại Điều 75 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 về thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế: “Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, chậm nhất là 6 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông váo về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc thông báo chuyển hồ sơ của người nộp thuế sang kiểm tra trước hoàn thuế nếu thuộc trường hợp quy định tại Khoản 2, Điều 73 của Luật này hoặc thông báo không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế… Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, chậm nhất là 4 ngày kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế”.
Tổng cục Hải quan nhấn mạnh, như vậy, trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế thực hiện phân loại hồ sơ và thông báo cho người nộp thuế về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế hoặc thông báo cho người nộp thuế về việc không tiếp nhận hồ sơ hoặc bổ sung hồ sơ trong trường hợp hồ sơ không đầy đủ.
Cũng theo Tổng cục Hải quan, thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm nhất 6 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước. Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm nhất là 40 ngày kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo về việc chấp nhận hồ sơ. Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ hoàn thuế thực hiện theo các mẫu đính kèm.
Liên quan đến hoàn trả tiền thuế nộp thừa, theo Tổng cục Hải quan, việc xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa đã được quy định rõ tại Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14. Theo đó căn cứ quy định tại Khoản 5, Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 thì: “Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định thẩm quyền, thủ tục xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định tại Điều này”.
Như vậy, thẩm quyền, thủ tục xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện theo quy định tại Điều 131, Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 64, Khoản 65 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC của Bộ Tài chính.