Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh vào/ra khỏi lãnh thổ Việt Nam phải thực hiện thủ tục hải quan, chịu sự kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định của pháp luật Việt Nam.
Theo cách giải thích của Luật Hải quan năm 2014:
23. Thủ tục hải quan là các công việc mà người khai hải quan và công chức hải quan phải thực hiện theo quy định của Luật này đối với hàng hóa, phương tiện vận tải.

Các bước làm thủ tục thông quan nhập khẩu hàng hóa

Bước 01: Xác định loại mặt hàng sẽ nhập

Cần xác định loại hàng hóa nhập khẩu thuộc diện nào, danh mục nào để xác định được việc cần làm. Chẳng hạn nếu là hàng thông thường (được phép nhập khẩu) thì không cần lưu ý gì đặc biệt nhưng nếu là hàng hóa phải công bố hợp chuẩn hợp quy, doanh nghiệp phải làm thủ tục công bố hợp quy trước khi hàng được đưa về cảng
Hàng hóa thông thường (được phép nhập khẩu), hàng cấm, hàng hóa cần giấy phép nhập khẩu, hàng hóa phải công bố đủ tiêu chuẩn, hàng hóa cần kiểm tra chuyên ngành đều là những ví dụ về hàng hóa. 

Bước 02: Giao kết hợp đồng mua bán ngoại thương (Hợp đồng mua bán)

Là thỏa thuận giữa người bán và người mua. Trong hợp đồng cần có đủ thông tin như tên hàng hóa, số lượng, trọng lượng, giá cả, v.v. Ngoài ra, hợp đồng quy định một loạt các hạn chế khác liên quan đến chứng từ và phương thức thanh toán. Khi khai báo thủ tục hải quan nhập khẩu, hợp đồng là tài liệu quan trọng nhất.

Bước 03: Kiểm tra hồ sơ, chứng từ liên quan

Bộ chứng từ cơ bản trong thủ tục hải quan,  gồm các giấy tờ sau:
- Hợp đồng thương mại (Sale Contract).
- Vận đơn lô hàng (Bill of Lading) - 03 bản chính.
- Phiếu đóng gói hàng hóa (Packing List) - 03 bản chính.
- Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice) - 03 bản chính.
- Giấy chứng nhận xuất xứ lô hàng (C/O).
Thông thường, người bán sẽ gửi các tài liệu này cho người mua. Do đó, để tránh mất nhiều thời gian để hoàn thành thao tác, bạn nên kiểm tra kỹ thông tin về các tài liệu.

Bước 04: Đăng ký kiểm tra chuyên ngành

Nếu hàng hóa nhập khẩu thuộc diện hàng hóa cần phải kiểm tra chuyên ngành thì phải thực hiện các quy trình kiểm tra chuyên ngành theo quy định của pháp luật.

Bước 05: Khai và truyền tờ khai hải quan

Khi hãng vận chuyển gửi giấy báo hàng đến, doanh nghiệp cần tiến hành làm thủ tục tờ khai hải quan và điền đầy đủ thông tin trên tờ khai. 
Để làm thủ tục hải quan điện tử, bạn cần có Chữ ký số và khai báo hải quan thông qua phần mềm iHaiQuan hoặc trang tổng cục Hải quan. Khi tờ khai hoàn tất và được truyền đi, hệ thống sẽ tự động cấp số nếu như thông tin chính xác và đầy đủ.

Bước 06: Lấy lệnh giao hàng

Đây là một dạng giấy tờ do hãng tàu hoặc công ty vận chuyển cung cấp để giữ các mặt hàng để giao hàng tại cảng hoặc nhà kho.
Doanh nghiệp cần chuẩn bị bộ hồ sơ sau và mang đến hãng vận chuyển để lấy lệnh giao hàng:
- Chứng minh nhân dân/Căn cước công dân bản sao.
- Vận đơn bản sao.
- Vận đơn bản gốc có dấu.
Nếu các mặt hàng đã được chất đầy vào container, bạn phải xác định xem còn thời gian để cất giữ chúng tại cảng hay không rồi mới gia hạn.    

Bước 07: Chuẩn bị bộ hồ sơ hải quan

Sau khi tờ khai được truyền đi, hệ thống sẽ phân luồng hàng hóa thành luồng xanh, luồng vàng hoặc luồng đỏ giống bên thủ tục xuất khẩu
- Luồng xanh: Doanh nghiệp in tờ khai và đóng thuế.
- Luồng vàng: Đơn vị Hải quan kiểm tra hồ sơ giấy của lô hàng.
- Luồng đỏ: Hàng bị kiểm hóa.

Bước 08: Nộp thuế và hoàn tất thủ tục hải quan

Sau khi tờ khai đã được truyền và thông qua, doanh nghiệp cần tiến hành nộp 2 loại thuế chính, đó là:
- Thuế nhập khẩu.
- VAT.
Ngoài ra, tùy vào một số loại hàng, có thể phải nộp thuế môi trường và thuế tiêu thụ đặc biệt.
Sau khi hoàn tất thủ tục hải quan và nộp đầy đủ các loại thuế bắt buộc, hàng hóa đã được thông quan nhập khẩu.

Bước 09: Hoàn tất thủ tục chuyển đơn hàng và nhập hàng vào kho   

Mang theo Lệnh giao hàng D/O hiện có kèm theo lời giới thiệu của người gửi hàng, phiếu cược cont của hãng tàu, mã vạch tờ khai hải quan đã ký tên, đóng dấu sau khi chuẩn bị phương tiện vận chuyển, nhập kho. Sau đó, bên hải quan sẽ kiểm tra hàng hóa và nếu cần sẽ làm hồ sơ nộp phí. Sau khi hoàn thành các thủ tục, hàng hóa sẽ được chuyển đến cho bạn.

    iHaiQuan - Dịch vụ hải quan điện tử được Tổng Cục hải quan công nhận từ năm 2012