Tại khoản 6 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính quy định về lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu quy định:

“2. Người khai hải quan chịu trách nhiệm lưu giữ bản chính các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan quy định tại khoản 1 Điều này trong thời hạn theo quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 18 Luật Hải quan ngày 23 tháng 6 năm 2014, xuất trình cho cơ quan hải quan khi kiểm tra sau thông quan, thanh tra. Bản chính có thể được thể hiện dưới dạng chứng từ điện tử hoặc chứng từ giấy.

Trường hợp bản chính dưới dạng chứng từ giấy đã nộp cho cơ quan hải quan, người khai hải quan phải lưu bản chụp. Đối với chứng từ dưới dạng điện tử, người khai hải quan phải lưu bản điện tử...”

Theo quy định trên người khai hải quan phải lưu trữ bản chính các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan và các chứng từ có liên quan (trong đó có vận đơn) trong thời gian quy định của pháp luật, trường hợp các chứng từ điện tử thì lưu giữ dưới dạng điện tử hoặc chuyển đổi ra chứng từ giấy theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử. Như vậy đối với trường hợp Công ty vận tải phát hành vận đơn cho doanh nghiệp dưới dạng điện tử thì trong trường hợp chứng từ này bảo đảm tính toàn vẹn và khuôn dạng theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử thì được lưu giữ dưới dạng điện tử hoặc chuyển đổi ra chứng từ giấy theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử.