Mục tiêu của ngành Thuế sẽ triển khai sử dụng hóa đơn điện tử tới tất cả doanh nghiệp nhằm giảm thiểu tiêu cực và gian lận thuế, tuy nhiên bên cạnh đó, cũng cần hoàn thiện chế tài để xử lý các trường hợp vi phạm các quy định về đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử.
Theo đề xuất của Bộ Tài chính cần bổ sung hành vi vi phạm quy định về khởi tạo, đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử như: Chậm bổ sung thay đổi thông tin trên đăng ký sử dụng hóa đơn; khởi tạo hóa đơn điện tử không đủ nội dung, không đúng định dạng quy định, không đủ các điều kiện quy định; không đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử; đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử sai trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử có mã hoặc không có mã của cơ quan thuế; chậm bổ sung thay đổi thông tin trên đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử từ 10 ngày trở lên; hóa đơn điện tử được khởi tạo từ máy tính tiền không có kết nối chuyển dữ liệu điện tử với cơ quan thuế.
Bổ sung hành vi vi phạm quy định về lập hóa đơn điện tử như: Lập hóa đơn điện tử khi chưa có thông báo chấp thuận của cơ quan thuế; lập hóa đơn sai loại hóa đơn giao cho khách hàng; ngày ghi trên hóa đơn đã lập xảy ra trước ngày mua hóa đơn của cơ quan thuế; lập hóa đơn nhưng không giao hoặc chuyển cho người mua; không lập bảng kê hoặc không lập hóa đơn tổng hợp theo quy định của pháp luật về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ; không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ.
Bổ sung hành vi vi phạm quy định về hủy hóa đơn điện tử và hóa đơn giấy như: Chậm hủy hóa đơn giấy khi được thông báo chấp nhận được sử dụng hóa đơn điện tử của cơ quan thuế; không hủy hóa đơn giấy còn tồn chưa sử dụng kể từ khi nhận được thông báo chấp nhận sử dụng hóa đơn điện tử của cơ quan thuế; không hủy hóa đơn điện tử khi lập sai sót.
Bổ sung hành vi vi phạm quy định về chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử, cụ thể: Chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử cho cơ quan thuế quá hạn; chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử cho cơ quan thuế không đầy đủ theo quy định; không chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử cho cơ quan thuế theo thời hạn quy định.
Bổ sung hành vi vi phạm quy định về cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử như: Không công khai thông báo phương thức hoạt động, chất lượng dịch vụ trên Website giới thiệu dịch vụ; không đảm bảo điều kiện cung cấp dịch vụ truyền nhận hóa đơn điện tử và dữ liệu hóa đơn điện tử giữa người mua dịch vụ với cơ quan thuế; vi phạm quy định về lưu kết quả của các lần truyền, nhận hóa đơn điện tử. làm lộ thông tin về dữ liệu hóa đơn điện tử của khách hàng; không chuyển hoặc chậm chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử của bên mua dịch vụ đến cơ quan thuế (bên mua dịch vụ lập hóa đơn điện tử đúng hạn) thì tổ chức cung cấp dịch vụ bị xử phạt theo quy định.
Theo thống kê thì từ năm 2014 đến nay số vụ vi phạm về thủ tục thuế tăng nhiều theo từng năm, Theo số liệu nêu trên thì số lượng vụ việc vi phạm năm 2018 tăng khoảng 5,6 lần so với năm 2014. Một trong những nguyên nhân là mức phạt tiền thấp nên chưa đảm bảo tính phòng ngừa, chưa đủ nghiêm khắc để người nộp thuế nâng cao ý thức chấp hành pháp luật thuế đối với nghĩa vụ đăng ký thuế và khai các chỉ tiêu trên hồ sơ khai thuế.
Mặt khác, Bộ Tài chính đề xuất tăng nặng đối với hành vi trốn thuế như: Phạt 1 lần tính trên số thuế trốn đối với hành vi trốn thuế có từ 1 tình tiết giảm nhẹ trở lên; Phạt 1,5 lần tính trên số thuế trốn đối với hành vi trốn thuế mà không có tình tiết giảm nhẹ hoặc tình tiết tăng nặng; Phạt 2 lần tính trên số thuế trốn đối với hành vi trốn thuế mà có 1 tình tiết giảm nhẹ; Phạt 2,5 lần tính trên số thuế trốn đối với hành vi trốn thuế có 2 tình tiết tăng nặng; Phạt 3 lần tính trên số thuế trốn đối với hành vi trốn thuế có 3 tình tiết tăng nặng; Đối với người nộp thuế trốn thuế, gian lận thuế ngoài bị nộp đủ số tiền thuế trốn, số tiền thuế gian lận.