Trước thắc mắc của DN, theo dữ liệu hiện có tại cơ quan Hải quan, trong năm 2019, DN đã kê khai NK 2 bộ máy chấn kim loại từ đối tác là Công ty Murata Machinery Nhật Bản. Do vậy, đối với phần mềm NK từ đối tác kê khai tại tờ khai hải quan ngày 27/10/2020, khi xác định thuế GTGT cho hàng hóa NK, Tổng cục Hải quan đề nghị DN xem xét cụ thể theo các trường hợp sau đây để xác định đúng số tiền thuế phải nộp.

Theo đó, trường hợp DN NK phần mềm để sử dụng cho máy chấn kim loại do DN đã hoặc sẽ NK. Quy định tại khoản 5 Điều 6 Thông tư 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 5 Điều 1 Thông tư 60/2014/TT-BTC ngày 30/8/2019 của Bộ Tài chính thì trị giá hải quan đối với hàng hóa NK là máy móc thiết bị có phần mềm điều khiển, vận hành NK kèm theo bao gồm trị giá của máy móc thiết bị và trị giá của phần mềm. Nếu phần mềm điều khiển, vận hành được NK trước hoặc sau khi NK máy móc thiết bị thì người khai hải quan kê khai NK phần mềm theo mã HS và tính thuế theo máy móc thiết bị.

Nếu phần mềm điều khiển, vận hành được ghi, lưu trữ trong phương tiện trung gian khi NK và giá mua phần mềm tách riêng với giá của phương tiện NK, thể hiện trên hóa đơn thương mại, thì trị giá hải quan của phần mềm (để tính vào trị giá hải quan của máy móc thiết bị) không bao gồm trị giá của phương tiện trung gian.

Khi đó, thuế GTGT của phần mềm được xác định theo mức thuế GTGT của máy chấn kim loại.Đối với phần mềm do DN NK tại tờ khai hải quan ngày 27/10/2020, nếu phần mềm cùng thuộc giao dịch mua bán và NK máy chấn kim loại đã kê khai NK trước đó hoặc máy chấn kim loại chưa kê khai NK thì DN phải kê khai NK phần mềm theo quy định tại điểm d khoản 5 Điều 6 Thông tư 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 5 Điều 1 Thông tư 60/2014/TT-BTC ngày 30/8/2019 của Bộ Tài chính. Theo đó kê khai mã số HS của phần mềm theo mã số HS của máy chấn kim loại, xác định trị giá hải quan của phần mềm cùng với trị giá hải quan của máy chấn kim loại NK, và tại ô “Chi tiết khai trị giá” của tờ khai NK phần mềm phải ghi rõ số tờ khai NK máy chấn kim loại nếu đã NK.

Trường hợp DN NK phần mềm để sử dụng cho máy chấn kim loại mua trong nước hoặc để cung cấp cho ngưởi sử dụng khác hoặc để nâng caaos, thay thế phần mềm NK lần đầu đã được cài đặt và sử dụng cùng máy chấn kim loại đã NK thì căn cứ khoản 5 và khoản 19, Điều 2; khoản 5,6 Điều 6 Thông tư 39/2019/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1, khoản 5 Điều 1 Thông tư 60/2019/TT-BTC. Theo đó, khi DN NK phần mềm theo các trường hợp nêu trên được coi là phần mềm độc lập (không xem xét, xác định trị giá hải quan cùng với máy móc thiết bị có phần mềm điều khiển, vận hành). Nếu phần mềm được chứa đựng trong phương tiện trung gian và hóa đơn thương mại tách riêng giá mua phần mềm với giá mua phương tiện trung gian thì DN xác định và kê khai trị giá hải quan của phương tiện trung gian không bao gồm trị giá của phần mềm.

Cũng tại khoản 21 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định khi DN NK phần mềm theo các trường hợp nêu trên, nếu phần mềm được xác định là sản phẩm phần mềm theo quy định của pháp luật thì không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.