Hệ thống chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) vừa ghi nhận một bước ngoặt lớn với hàng loạt quy định sửa đổi chính thức phát sinh hiệu lực từ ngày 01/07/2026. Những điều chỉnh mang tính bản lề này trực tiếp tái cấu trúc lại cục diện ưu đãi đầu tư, siết chặt điều kiện đối với một số mô hình kinh doanh truyền thống nhưng đồng thời mở ra cơ hội miễn giảm thuế rất lớn cho các lĩnh vực công nghệ chiến lược.
Để giúp các chủ doanh nghiệp và bộ phận kế toán chủ động rà soát nghĩa vụ tài chính, bảo vệ quyền lợi hợp pháp và phòng ngừa rủi ro pháp lý, bài viết dưới đây sẽ hệ thống hóa chi tiết 10 thay đổi cốt lõi nhất.
Định hình lại danh mục ngành nghề và thu hẹp đối tượng công nghệ cao
Khung pháp lý mới hướng tới việc tinh lọc dòng vốn đầu tư, tập trung nguồn lực ưu đãi vào các phân khúc có hàm lượng giá trị gia tăng cao thực chất:
Điều chỉnh danh mục ngành nghề ưu đãi: Cơ quan quản lý chính thức lược bỏ nội dung "ứng dụng công nghệ cao" ra khỏi danh mục các ngành nghề được hưởng ưu đãi thuế TNDN. Thay vào đó, hệ thống sẽ thực hiện đồng bộ và thống nhất theo các tiêu chuẩn quy định tại Luật Công nghệ cao năm 2025.
Thu hẹp phạm vi doanh nghiệp công nghệ cao: Cơ chế ưu đãi thuế hiện nay chỉ tập trung áp dụng cho nhóm doanh nghiệp công nghệ cao thuộc nhóm 2 và các doanh nghiệp khoa học công nghệ. Đối với mô hình doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, các chính sách ưu đãi cũ sẽ chính thức bị bãi bỏ.
Loại bỏ hoàn toàn ưu đãi đối với nông nghiệp công nghệ cao: Điểm thay đổi này cần đặc biệt lưu ý vì nó tác động trực tiếp đến các đơn vị đang vận hành trong lĩnh vực nông nghiệp; dòng doanh nghiệp này sẽ không còn thuộc diện hưởng chính sách thuế suất đặc thù như giai đoạn trước.
Bổ sung các nhóm ngành nghề chiến lược và khung thuế suất ưu đãi mới
Bên cạnh việc thu hẹp một số đối tượng, Luật mới bổ sung các gói đặc quyền tài chính dài hạn nhằm khuyến khích hoạt động nghiên cứu và phát triển (R&D):
Mở rộng thêm 05 nhóm đối tượng ưu đãi mới: Danh mục ưu đãi bổ sung các trung tâm nghiên cứu và phát triển công nghệ chiến lược; doanh nghiệp công nghệ chiến lược; trung tâm nghiên cứu và phát triển công nghệ cao nhóm 1; doanh nghiệp công nghệ cao nhóm 1; và cuối cùng là các doanh nghiệp sản xuất sản phẩm công nghệ cao.
Áp dụng mức thuế suất ưu đãi 10% trong 25 năm: Đây là mức ưu đãi đặc biệt dài hạn dành riêng cho các doanh nghiệp và trung tâm nghiên cứu thuộc nhóm công nghệ chiến lược và công nghệ cao nhóm 1.
Bổ sung khung thuế suất 17% trong thời hạn 10 năm: Các cơ sở sản xuất sản phẩm công nghệ cao chính thức được đưa vào diện áp dụng mức thuế suất ưu đãi 17% kéo dài trong vòng 10 năm liên tục.
Thiết lập gói miễn giảm thuế quy mô lớn: Đối với một số doanh nghiệp công nghệ chiến lược và nhóm công nghệ cao nhóm 1, luật cho phép áp dụng cơ chế miễn thuế TNDN tối đa lên đến 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong tối đa 9 năm tiếp theo.
Chuẩn hóa phương thức tính thời gian ưu đãi và cơ chế bảo lưu quyền lợi
Để minh bạch hóa quá trình thực thi và bảo vệ quyền lợi chính đáng của nhà đầu tư, các quy tắc kỹ thuật về thời gian đã được làm rõ:
Làm rõ thời điểm tính thời gian hưởng ưu đãi: Thời gian áp dụng ưu đãi thuế được tính biên độ bắt đầu từ năm đầu tiên dự án đầu tư phát sinh doanh thu. Trường hợp Giấy chứng nhận ưu đãi được cơ quan thẩm quyền cấp sau thời điểm phát sinh doanh thu, thời gian ưu đãi còn lại sẽ được tính toán kể từ năm doanh nghiệp được cấp giấy xác nhận.
Quy định thời gian miễn giảm khi cấp nhiều giấy chứng nhận: Trường hợp doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư nhiều lần, mốc thời gian áp dụng các chính sách miễn, giảm thuế TNDN sẽ chỉ tính theo Giấy chứng nhận được cấp lần đầu tiên.
Bảo lưu quyền lợi cho các dự án đã được cấp phép trước đó: Nhằm đảm bảo tính ổn định của môi trường đầu tư, các doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao hoặc doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao trước ngày 01/07/2026 vẫn được bảo lưu quyền lợi. Các đơn vị này tiếp tục hưởng ưu đãi cho đến khi hết thời hạn ghi trên giấy chứng nhận cũ.
Trước những thay đổi mang tính bước ngoặt này, các doanh nghiệp cần chủ động rà soát lại toàn bộ hồ sơ pháp lý, hệ thống giấy chứng nhận ưu đãi và kế hoạch thuế hiện tại để tối ưu hóa quyền lợi được thụ hưởng và tránh các rủi ro truy thu không đáng có.