Trong lộ trình quyết toán thuế năm 2026, Thông tư 20/2026/TT-BTC nổi lên như một "kim chỉ nam" mới, thắt chặt các quy định về hồ sơ và chứng từ. Để tối ưu hóa chi phí được trừ và hạn chế rủi ro truy thu, kế toán trưởng và bộ phận kế toán cần đặc biệt lưu tâm đến việc xây dựng hệ thống chứng từ chặt chẽ, đảm bảo tính hợp lý, hợp lệ và hợp pháp.
Dưới đây là 10 lưu ý cốt tử để bảo vệ "hàng rào" chi phí của doanh nghiệp trước các kỳ thanh tra thuế.
Siết chặt hạn mức thanh toán không dùng tiền mặt từ 5 triệu đồng
Một trong những thay đổi mang tính bước ngoặt theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP và Thông tư 20 là hạ mức bắt buộc thanh toán không dùng tiền mặt xuống còn 5 triệu đồng/lần. Mọi giao dịch từ ngưỡng này trở lên nếu thanh toán bằng tiền mặt sẽ bị loại khỏi chi phí được trừ. Kế toán cần rà soát kỹ các khoản chi nhỏ lẻ thường xuyên để đảm bảo dòng tiền luôn đi qua hệ thống ngân hàng.
Quản trị hồ sơ tổn thất do nguyên nhân bất khả kháng
Đối với các thiệt hại do thiên tai, dịch bệnh hoặc các tình huống bất khả kháng, phần giá trị tổn thất không được bồi thường chỉ được ghi nhận là chi phí hợp lý khi có đủ bộ hồ sơ minh chứng. Điều này bao gồm: Biên bản kiểm kê thực tế, bảng kê chi tiết hàng hóa/tài sản hư hỏng và các văn bản xác nhận từ đơn vị bảo hiểm hoặc cơ quan chức năng liên quan.
Chuẩn hóa biên bản xác nhận chi tài trợ
Các khoản chi tài trợ thường nằm trong "tầm ngắm" của cơ quan thuế do tính chất nhạy cảm. Để được chấp nhận, doanh nghiệp bắt buộc phải sử dụng biểu mẫu chuẩn theo quy định, có đầy đủ chữ ký, con dấu của cả bên tài trợ và bên thụ hưởng. Bất kỳ sai lệch nào về mẫu biểu hoặc thiếu sót trong xác nhận đều có thể dẫn đến việc toàn bộ khoản chi bị loại bỏ.
Quy trình ủy quyền nhân viên thanh toán hộ và hoàn ứng
Để bảo vệ chi phí khi nhân viên thanh toán thay công ty, doanh nghiệp cần thiết lập một chuỗi liên kết chặt chẽ:
Có hóa đơn mang tên, mã số thuế của công ty.
Quy chế tài chính nội bộ quy định rõ việc ủy quyền.
Dòng tiền thanh toán phải khớp nối: Nhân viên chuyển khoản cho nhà cung cấp và Công ty chuyển khoản hoàn trả đúng số tiền đó cho nhân viên.
Ghi nhận các khoản chi hợp pháp dù chưa phát sinh doanh thu
Thông tư 20 tạo hành lang pháp lý cho phép ghi nhận một số khoản chi đặc thù dù doanh nghiệp chưa có doanh thu tương ứng, bao gồm:
Chi phí dự thầu các dự án không trúng.
Chi phí nghiên cứu và phát triển (R&D) hoặc khảo sát thị trường không thành công.
Chi phí quảng bá, marketing trước khi chính thức bán hàng.
Chi phí tiêu hủy hàng tồn kho hư hỏng (có hồ sơ chứng minh).
Nghĩa vụ thuế khi thuê tài sản từ cá nhân
Khi thuê tài sản của cá nhân, doanh nghiệp cần lưu ý: Nếu hợp đồng quy định giá thuê chưa bao gồm thuế và doanh nghiệp nộp thuế thay, thì phần thuế này được tính vào chi phí được trừ. Tuy nhiên, hồ sơ bắt buộc phải có hợp đồng rõ ràng, chứng từ nộp thuế và chứng từ thanh toán qua ngân hàng nếu giá trị từ 5 triệu đồng trở lên.
Xử lý tài sản hình thành từ Quỹ khoa học và công nghệ
Đối với các tài sản được đầu tư bằng Quỹ KH&CN, khi đưa vào hoạt động sản xuất kinh doanh, kế toán cần thực hiện quy trình hai bước: Ghi nhận vào thu nhập khác, sau đó mới thực hiện trích khấu hao vào chi phí dựa trên giá trị còn lại. Việc nhầm lẫn trong khâu hạch toán này sẽ gây thiệt hại kép về thuế cho doanh nghiệp.
Minh bạch hóa chi phí đào tạo nhân sự
Chi phí đào tạo chỉ được bảo vệ khi có sự gắn kết trực tiếp với hoạt động kinh doanh và hồ sơ nhân sự. Bộ hồ sơ hoàn chỉnh gồm: Hợp đồng lao động, quyết định cử đi học, hóa đơn/hợp đồng đào tạo và bằng cấp/chứng chỉ chuyên môn của người lao động sau khóa học.
Trách nhiệm giải trình đối với bảng kê 02/TNDN
Khi mua hàng hóa của cá nhân không kinh doanh (nông sản, phế liệu...), doanh nghiệp không có hóa đơn mà phải lập bảng kê 02/TNDN. Kế toán cần lưu ý, doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm hoàn toàn về tính thực tế và trung thực của các giao dịch trên bảng kê. Việc lập bảng kê khống để "vẽ" chi phí là rủi ro trọng yếu dẫn đến xử phạt hành chính và truy cứu trách nhiệm pháp lý.
Xác định đúng thời điểm ghi nhận doanh thu tính thuế
Sai lệch thời điểm ghi nhận doanh thu là nguyên nhân phổ biến dẫn đến sai sót trong quyết toán:
Xuất khẩu: Căn cứ vào thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc theo xác nhận của cơ quan hải quan.
Xây dựng, lắp đặt: Căn cứ vào thời điểm nghiệm thu, bàn giao (không phụ thuộc vào việc đã thanh toán hay chưa).
Những rủi ro tiềm ẩn trong quản trị chứng từ số
Trong kỷ nguyên hóa đơn điện tử, sự rời rạc trong việc quản lý dữ liệu là "gót chân Achilles" của nhiều doanh nghiệp:
Thất lạc hóa đơn: Dữ liệu nằm phân tán trên nhiều kênh (Email, Zalo, File rời) khiến việc đối soát trở nên khó khăn.
Hóa đơn không hợp lệ: Việc không kiểm soát kịp thời hóa đơn từ các doanh nghiệp bỏ trốn, sai mã số thuế hoặc hóa đơn trùng lặp dẫn đến sai lệch sổ sách nghiêm trọng.
Mất dấu vết kiểm tra: Khi thanh tra yêu cầu giải trình, việc thiếu hệ thống lưu trữ tập trung khiến kế toán mất nhiều thời gian để tập hợp chứng từ, dễ dẫn đến lúng túng và thiếu thuyết phục trong đối thoại với cơ quan thuế.
Việc chủ động hệ thống hóa hồ sơ và kiểm soát hóa đơn ngay từ khâu phát sinh là giải pháp bền vững nhất để bảo vệ lợi ích của doanh nghiệp trong kỳ quyết toán thuế 2026.